秸稈露天焚燒不僅造成資源浪費，而且會對農田生態系統造成破壞，直接露天燃燒會直接導致土壤肥力降低、土壤墑情惡化、土壤微生物數量和多樣性減少。同時，焚燒過程中產生的大量污染物會導致大氣環境惡化。秸稈焚燒的根本原因，是農民選擇了處置成本最低的方式，這樣成本最低也最省時間。因此，解決秸稈焚燒問題的關鍵是要為農民找到一種合理化消納秸稈的方式。
經過多年的不斷的探索實踐，與飼料化、基料化、原料化這幾種有限消納能力的方式相比，秸稈肥料化（還田）利用和燃料化利用都可以實現秸稈百分之百消納。因此，從消納潛力的角度考慮，兩者似乎不存在差異。但是，通過研究表明，秸稈還田仍會對環境產生不利影響并且也面臨著許多現實問題。
從肥田效果看，秸稈還田后能夠釋放N、P、K等營養元素，理論上能夠起到肥田和減少化肥使用的作用。但是，在我國實際的農業生產過程中，由于我國秸稈還田需要的精確施肥技術尚在起步階段，秸稈還田尚未發揮替代化肥的作用，并且農民習慣過量施肥，而省去拔節期的追肥，以達到省時省力的目的。此外，秸稈還田還面臨很多其他現實問題，如過高的秸稈還田量需要吸收土壤中原有的大量氮素、磷素和水分，會引起土壤的碳氮比失衡，影響土壤微生物的生長繁殖，進而影響還田秸稈的腐解、轉化和作物生長發育；當秸稈過長、地溫過低、松緊度不當時，不利于秸稈腐解，會影響出苗和作物生長，造成減產；秸稈還田還會使病原菌重新回到土壤中，長期積累會加重苗期病害和土傳病害的發生。
生物質之所以被認為具有零碳屬性，是由于植物生長過程中會吸收CO2，將其固定在體內，如果在植物死后這些碳全部還是以CO2的形式釋放出來，則又會被新一輪的植物生長所吸收，因此從物質守恒的角度，可以認為生物質具有“碳中和”屬性。但是如果在生物質消納過程中釋放出一定量的CH4、N2O等強溫室效應氣體，由于兩者的全球增溫潛勢分別是CO2的28倍和265倍，則生物質的“碳中和”屬性就會被打破，會正向增加溫室效應。不管對秸稈等生物質資源采取何種消納措施，包括采取自然棄置的方式，整個過程中都會產生一定量的 CH4 和 N2O 排放，所以會造成不同程度的等效增排量，其中水稻秸稈還田、秸稈做牲畜飼料、林業廢棄物野外焚燒、秸稈發酵制沼氣等過程所帶來的等效增排量最大。與此相比，將秸稈加工壓縮為成型燃料進行清潔可控的燃燒，所排放的 CH4 和 N2O 是所有方式中最少的。
研究表明，將成熟后的秸稈資源通過清潔高效的燃燒技術在越短的時間內將其內部的碳元素迅速轉化成CO2，進而作為下一輪作物生長的碳源，將越容易維持生物質所自有的“碳中和”屬性。否則，不論是采取自然棄置還是其他不合理的利用，過程中都會產生 CH4 和 N2O 排放，進而加劇溫室效應。
秸稈燃料化利用是我國秸稈資源的規模化最佳消納方式，但在利用過程中需做到清潔高效，最大程度地控制顆粒物和其他各類大氣污染物的排放。秸稈成型燃料具有高效、潔凈、點火容易、二氧化碳零排放、便于貯運和運輸、易于實現產業化生產和規模應用等優點，可為農村居民提供炊事、取暖用能，也可以作為農產品加工業（糧食烘干、蔬菜、煙葉等）、設施農業（溫室）、養殖業等不同規模的區域供熱燃料，同時可以作為工業鍋爐和電廠的燃料，替代煤等化石能源。
